Genforskning med mobiltelefon chip

Chip fra mobiltelefon kan analysere vores arvemasse

Hør udsendelse

Genforskning bevæger sig ind i en ny fase med brugen af de samme chips, som vi finder i mobiltelefoner. Det bliver billigere og hurtigere at identificere virus og at ordinere den rette medicin til patienter.

Måske har du set filmen “Contagion”, der lige har hærget danske biografer. En klassisk dommedagsagtig actiongyser, hvor en en ukendt virus hærger USA. Matt Damon har hovedrollen, men den vigtigste rolle spiller måske en lille maskine, der kan knække den genetiske kode på den dræbende virus. Maskinen hedder Iontorrent og modsat Matt Damon og filmens handling, så er den ikke fiktion. Den findes i virkeligheden.

IonTorrent er den først gensekventeringsmaskine, der ikke er større end, at den kan stå på et skrivebord. Den kan afkode hele genomer på ganske få timer.

Manden, der har opfundet IonTorrent, hedder Jonathan Rothberg. Han har en lang historie indenfor gensekventering bag sig, hvor han har opfundet nogle af de helt afgørende teknolgier, der har sænket prisen på gensekventering dramatisk gennem de sidste to årtier.

Genmaskine på lægens bord
Men hvad betyder det, at Jonathan Rothberg nu har en maskine, der kan stå på et skrivebord og knække genetiske koder?

“At skekventere DNA betyder, at du kan tage et foto eller en prøve af en bestemt del af din arvemasse eller af arvemassen i en virus. Det minder om røntgentfotograf eller hjernescanning, og det vil få en indflydelse på forskning i og behandling af sygdomme på samme afgørende niveau, når den afkoder livets sprog og kan fortælle, hvilke sygdomme du vil få, og hvilken medicin du vil reagere på,” siger Jonathan Rothberg.

Men vil der så stå en IonTorrent maskine på vores praktiskerende læges bord om få år?

“De første gensekventeringsmaskiner, jeg var med til at opfinde, var kun for eksperter med en halv million dollar på kistebunden. IonTorrent gør det muligt for enhver praktiserende læge at afkode et genom på få timer for 99$ – altså 550 kroner,” siger han.

Maskine analyserede tyske bønnespirer
IonTorrent maskinen var med til at afkode den e-coli bakterie i tyske bønnespirer, der i sommeren 2011 kostede 22 mennesker livet og gjorde mindst 2100 syge, heraf 18 danskere.

Men hvordan adskiller Jonathan Rothbergs maskine sig fra de meget større og meget dyrere gensekventeringsmaskiner, som allerede står på forskningslaboratorier over hele verden – også her i Danmark.

“Tænk på din mobiltelefon. Vi har lavet en computerchip, der bliver produceret i de samme fabrikker som iPhones og Nokia telefoner. Fordi den som al forbrugerteknologi følger Moore’s lov, så bliver den dobbelt så god til samme pris hver 18. måned. Det er første gang, at nogen har brugt sådan en chip til at læse genomer fra vira, bakterier eller et menneske. Den er meget billig, fordi den i bund og grund er lavet til forbrugerelektronik som fx mobiltelefoner,” siger Jonathan Rothberg.

Det betyder, at Rothbergs maskiner ligesom mobiltelefoner og computere vil falde hurtigt i pris samtidig med at de bliver dobbelt så gode. Vi vil med andre ord opleve en eksplosiv udvikling indenfor genforskning i løbet af det næste årti.

Pris halveres hvert år
“I løbet af 5-10 år vil vi se masser af diagnoser i forbindelse med medicinering. I løbet af 20 år vil vi forstå diabetes og cancer, så vi kan gøre det samme med de sygdomme, som vi gjorde med HIV, hvor vi kunne studere virus og lave medicin, der ændrede HIV til at være en kronisk sygdom, som man ikke behøver at dø af. Nu har vi maskiner, der gør det lige så let at studere et hele menneskes genom, som det var at studere et HIV genom. På den måde kan nogle typer cancer forandres til en kronisk sygdom. Jeg ved, at dine lyttere har hørt det her i 20 år – forskellen er, at det her er første gang, at vi har adgang til al den information – før i tiden var det som at kigge på de 100 første ord i en 600 sider lang Tolstoy roman og tro, at vi kunne forstå det hele – i dag har vi alle siderne. Nu skal de bare analyseres,” siger Jonathan Rothberg.
Han tilføjer, at lige nu koncentrerer forskningen sig om om 1100 arvelige sygdomme og 300 cancergener, som vi kender. Forskerne koncentrerer sig om at lede efter ting, som man kan gøre noget ved. Man sekventerer for at give den rigtige medicin eller fortælle folk, om man kan behandle deres cancer eller ej. Så i 2012 sekventerer vi kun dele af menneskers genomer.

Genforskning på USB stick
IonTorrent får dog snart konkurrence. Firmaet Oxford Nanopore Technologies vil fra slutningen af 2012 sælge en “pay-as-you-go” engangs-gensekventerings-enhed på størrelse med en USB memory stick, som man kan proppe ind i en bærbar computer for at få sine resultater.

MiniIon – som den hedder – kommer angiveligt til at koste mindre end $ 900 altså cirka 5.000 kroner. Hvilket skal sammenlignes med at en gensekventeringsmaskine i dag koster mellem 300.000 og fire mio. kroner.

Firmaet bag USB-sekventerings maskinen forestiller sig, at vagtlæger, biologer og fødevareinspektører kan brug den, når de er ude på opgave.

Advertisements

Skriv et svar

Udfyld dine oplysninger nedenfor eller klik på et ikon for at logge ind:

WordPress.com Logo

Du kommenterer med din WordPress.com konto. Log Out / Skift )

Twitter picture

Du kommenterer med din Twitter konto. Log Out / Skift )

Facebook photo

Du kommenterer med din Facebook konto. Log Out / Skift )

Google+ photo

Du kommenterer med din Google+ konto. Log Out / Skift )

Connecting to %s

%d bloggers like this: